Curso CBAB/CABBIO LNCC :: 27 de julio al 7 de agosto

CBAB 2015 – FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS DE RNA-SEQ

Este ano tivemos 105 candidaturas, mantendo-se a maior demanda na região Sudeste (70), seguida das regiões Nordeste (12) e Sul (11) e sendo a menor demanda proveniente das regiões Centro-Oeste (7) e Norte (5). Comparativamente com o ano passado, a demanda foi muito próxima, quando tivemos 102 candidaturas e com distribuições semelhantes entre as regiões do Brasil, a diferença que este ano houve um aumento de candidaturas da região Centro-Oeste, passando de uma em 2014 para sete.

Por outro lado, destaco que em 2014, as áreas de atuação destes candidatos envolviam: i) melhoramento genético de plantas ou animais, ii) genética de micro-organismos ou de parasitas de interesse em saúde humana, iii) pesquisa em câncer e iv) pesquisa em biocombustível. Já este ano, as áreas de atuação dos candidatos inscritos foram mais diversas, envolvendo essas mesmas quatro áreas supracitadas, porém abrindo o leque dentro da área relacionada com genética e saúde humana, tais como farmacologia, fisiologia muscular e do esforço, genética do desenvolvimento, doenças neurodegenerativas e neurociência. Isso é muito motivador!

Os oito alunos selecionados do Brasil com custeio são representantes das cinco regiões do Brasil e para a região Sudeste selecionamos quatro candidatos, na medida do possível, representantes de mais de um Estado nessa região. Os demais critérios acadêmicos e científicos foram aqueles das regras explícitas para seleção de candidatos aos cursos CBAB/CABBIO. Já os oito alunos com custeio estrangeiros são representantes da Argentina (quatro), do Uruguai (três) e um da Colômbia.
Somando esse alunos com custeio e os selecionados sem custeio, temos o total de 33 alunos para assistirem o curso completo.

org

Cronograma

Primeira Semana
Dia 1. 2da feira 27 de julho
T0. Apresentação do curso – (1 hora – 9h30-10h30) – Marisa Fabiana Nicolás, LNCC/MCTI;
T1. Plataformas NGS de sequenciamento e aplicações para RNA-seq – (2 horas – 11h00-13h00) – Ricardo Henrique Kruger, Universidade de Brasília;
P1. Introdução ao Sistema Operacional Linux – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) -Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves e Nicholas Costa Barroso Lima, LNCC/MCTI;

Dia 2. 3a feira 28 de julho
T2. Construção de bibliotecas de cDNA para abordagens de RNA-seq – (2 horas – 8h30-10h30) – Alinne Pereira de Castro, Universidade Católica Dom Bosco;
T3. RNA-seq: mapeamento e quantificação dos genes expressos – (2 horas – 11h00-13h00) – Pedro A F Galante, Centro de Oncologia Molecular/Hospital Sírio-Libanês;
P2. Descobrindo novos transcritos humanos com dados de RNA-seq – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Pedro A F Galante, Centro de Oncologia Molecular/Hospital Sírio-Libanês;

Dia 3. 4a feira 29 de julho
P3. RNA-Seq: pós-processamentos do mapeamento utilizando a ferramenta Samtools – (2 horas – 8h30-10h30) – Guilherme Loss de Morais, LNCC/MCTI;
T4. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA – (2 horas – 11h00-13h00) – Daniel Guariz Pinheiro, UNESP-FCAVJ;
P4. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Daniel Guariz Pinheiro, UNESP-FCAVJ;

Dia 4. 5a feira 30 de julho
T5. Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos – (2 horas- 8h30-10h30) – J. Miguel Ortega, UFMG;
T6. Aplicação da bioinformática na inferência de vias metabólicas a partir de dados transcriptômicos – (2 horas – 11h00-13h00) – Pablo Ivan Pereira Ramos, Fiocruz/CPqGM;
P5. Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos – (3 horas– 14h-17h00 – Gabriel da Rocha Fernandes, Fiocruz/CPqRR;
Pratico Final aula 1. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (2 horas – 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro
Rezende, Fiocruz/CPqAM.

Dia 5. 6a feira 31 de julho
P6. Inferência de vias metabólicas com o programa Pathway Tools – (2 horas- 8h30-10h30) – Pablo Ivan Pereira Ramos, Fiocruz/CPqGM;
T7. Introdução ao programa estatístico R – (1 hora – 11h00-12h00) – Rafael L M Guedes, LNCC/MCTI;
P7. Introdução ao programa estatístico R – (1 hora – 12h00-13h00) – Rafael L M Guedes, LNCC/MCTI;
Pratico Final aula 2. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

Segunda Semana
2da feira 3 de agosto
T8. Estudos quali e quantitativos do transcriptoma de células tumorais – (2 horas- 8h30-10h30) – Raphael Parmigiani, Hospital Sírio-Libanês SP;
T9. Normalização e análise da expressão diferencial de genes – (2 horas- 11h00-13h00) – Elmer Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;
P8. Uso do programa estatístico R para análise da expressão diferencial de genes-14h-16h00 ) – Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina; – (2 horas)
Pratico Final aula 3. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (3 horas -16h-17h00 e 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

3a feira 4 de agosto
T10. Estudo de transcriptomas bacterianos – (2 horas – 8h30-10h30) – Marisa Fabiana Nicolás, LNCC/MCTI;
T11. Análise transcriptômica de small RNAs – (2 horas – 11h00-13h00) – Guilherme Loss de Morais, LNCC/MCTI;
P9. Identificação e anotaçãode Morais, LNCC/MCTI;
in silicode small RNAs – (2 horas -14h-16h00 ) – Guilherme Loss
Pratico Final aula 4. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (3 horas -16h-17h00 e 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

4a feira 5 de agosto
T12. Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e de classificação (2 horas- 8h30-10h30) – Roney S Coimbra, Fiocruz/CPqRR;
P10. Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e classificação – (4 horas – 11h00-13h00 e 14h-16h00) – Roney S Coimbra, Fiocruz/CPqRR;
Pratico Final aula 5. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (3 horas-16h-17h00 e 17h30- 19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e
Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

5a feira 6 de agosto
T13. “Conceptos de diseño, análisis y evaluación de experimentos transcriptómicos” – (3 horas – 8h30-10h30 e 11h00-12h00) – Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;
P11. “Diseño experimental y conceptos de data mining para NGS” – (2 horas – 12h00-13h00 e 14h00-15h00) – Elmer A Fernandez, Universidad Católica de Córdoba/Argentina;
T14. Transcriptograma: Uma técnica de análise para dados de expressão gênica – (2 horas 15h00-17h00) – Rita Maria Cunha de Almeida, UFRGS;
P12. Obtenção e Análises de Transcritptogramas – (2 horas – 17h30-19h30) – Rita Maria Cunha de Almeida, UFRGS;

6a feira 7 de agosto
Apresentações do Trabalho Final dos grupos de alunos (8h30 – 13h00).
A banca examinadora dos trabalhos será composta pelo professores: Mauricio E. Cantão,
Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro, Antonio Mauro Rezende,
Fiocruz/CPqAM, Marisa Fabiana Nicolás, LNCC/MCTI e Elmer A Fernandez, Universidad
Católica de Córdoba/Argentina.

NOTIFICAÇÃO IMPORTANTE PARA A PRIMEIRA SEMANA DE TARDE:

Mas, sobre a programação da primeira semana, necessitamos fazer um pedido especial para as aulas do período da tarde !!! Devido aos cortes de orçamento, o LNCC teve que ajustar o gasto de energia elétrica e à pedido do Diretor, na primeira semana do curso teremos que desligar as maquinas às 18h30.

Assim que nesse cenário, pedimos que as seguintes aulas sejam programadas para terminarem às 18h30 em lugar de 19h30:

2da feira 27 de julho: P1. Introdução ao Sistema Operacional Linux – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves e Nicholas Costa Barroso Lima, LNCC/MCTI;

3ª feira 28 de julho: P2. Descobrindo novos transcritos humanos com dados de RNA-seq – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Pedro A F Galante, Centro de Oncologia Molecular/Hospital Sírio-Libanês;

4ª feira 29 de julho: P4. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Daniel Guariz Pinheiro, UNESP-FCAVJ;

5ª feira 30 de julho: Pratico Final aula 1. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (2 horas – 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

6ª feira 31 de julho: Pratico Final aula 2. Estudo dirigido de análise transcriptomica – (5 horas – 14h-17h00 e 17h30-19h30) – Mauricio E. Cantão, Embrapa Suínos e Aves Milene Ferro, UNESP Río Claro e Antonio Mauro Rezende, Fiocruz/CPqAM.

ATENÇAO: a recomendação do Diretor é para desligarem as máquinas às 18h30. Ainda vamos poder ficar no Laboratório com os alunos. Somente temos que desligar as máquinas.

In: News